$VAR1 = {
          '34k' => {
                     'R1' => {
                                ...
                             },
                     'R2' => {
                                ...
                             }
                         ...
                    },
          '34n' => {
                     'R1' => {
                               ...
                             },
           etc...

        };

##</code><code>##

foreach my $lig (%{$ligHash})
{
    DoDump($lig);
}
sub DoDump
{
	my $ligand = shift;
	open TEMP, ">>", "ligandDump.txt";
	print TEMP Dumper($ligand);
	close TEMP;
}

##</code><code>##

$VAR1 = '34k';
$VAR1 = {
          'R1' => {
                    ...
                  }
           etc..
        }
$VAR1 = '34n';
$VAR1 = {
          'R1' => {
                    ...
                  }
            etc..
        }