use warnings;
use strict;

my $i;
my $scaf;
while (<DATA>) {
    if (/^>(.*)$/) {
        $i = 0;
        $scaf = $1;
        print ">$scaf.$i\n";
    }
    elsif (/^N/) {
        $i++;
        print ">$scaf.$i\n";
    }
    else {
        print;
    }
}

__DATA__
>Long_DNA_Scaffold
atgctagsctgtagctagctagtcgatgctagtagct
ttagctagctgatgctagtcgatgctagtcatctagc
NNNNNNNNNNNNNNNNNNN
tagctagctagctgatcgtagctagtcgtagctagct
ggtcgatgctgatcgtagctgatgctagtcgatgcta
>Long_DNA_Scaffold2
atgctagsctgtagctagctagtcgatgctagtagct
tagctagctgatcgtagctagctgatgctagctagtc
NNNNNNNNNNNNNNNNNN
tagctagctagctgatgctagctagtcgatcgtagct
ggctagtgctagtgctagctgatgctagtcgtagctg