perl ./847578.pl fasta.txt p.txt s.txt

##</code><code>##

>CVSF10000.x1 bg|356789 pair:789860
ATGCGTAGCTGATGTGCTGCTGATGCTAGTCGTCGTAGCTGATGCATGCTGATCGTAGTGCTCGATGCTA
GTCGTAGTCGTAGTCGTAGCGACTGATGCGATCGTAGTCGGATGATGCTGACTGATGCTGATCTGTACGT
CGTAGCTGATGCATGCGCTAGTAGCT
>CVSF10000.y1 bg|356790 pair:789859
GCTAGTCGATGCTGATGCTGTAGCTAGCGTAGTCGTACGCGCGCGCGCGCGTTTTTTGTGACGTCGTAGT
CCGTAGCTGATGCGATGCTAGTGCTGTGTCAGCTGATGTCGTGTGTAGCTGATGCTGATCGTTCGTGTGT
CGATGCTGATGCTAGTCGTAGTGTAT
>CVSF10001.x1 bg|356791 pair:789862
AGTCGTAGTCGTAGCTGTAGCTGATGCTGTGTACGATGCTGATGCGATGCGTAGCGTAGCATCGATGCTA
CGACTAGTCGTAGTCGTC
>CVSF10001.y1 bg|356792 pair:789861
CGTAGCTGATGCTGATCGTAGTCGTAGTCGATGCGATGCTAGTCGTAGCTGTAGCTGATGCTGCGTGCTG
CAGTCGATGCTAGTCGATGCTGATCGTCTAGCAT

##</code><code>##

>CVSF43565.d1 bg|346278
CAGACACACTTCTTTTAGTTGAGACACATGGAAAACATCATGTATGGCAGACAACTGTTCTGGGAGTTGG
ATCCGGGTAAGCAACGGGTCCACATATCTCCACAATCTCATAAGGGGCCAACATAGCGGGGGAGCTAACT
TGCCTTTGATTCCAAACCGTTGCACTCCTTTGGTCGGGGAAACTCGAAGGTACACATGATCACCAAGGTC
GAACTGCAGGGGTCTTCTCCGCTGGTCGGAGTAGCTCTTCTGTCAAGATTGGGCGGCCTTGAGATGTGCT
TGAATTACCTTCACTTGCTCTTCGGCTTCTGCCACTTAAGTCAGGGCCATAGACCTGTCTCTCCCCTGGG
CAGACACACTTCTTTTAGTTGAGACACATGGAAAACATCATGTATGGCAGACAACTGTTCTGGGAGTTGG
ATCCGGGTAAGC
>CVSF43566.d1 bg|346279
CAGACACACTTCTTTTAGTTGAGACACATGGAAAACATCATGTATGGCAGACAACTGTTCTGGGAGTTGG
ATCCGGGTAAGCCAGACACACTTCTTTTAGTTGAGACACATGGAAAACATCATGTATGGCAGACAACTGT
TCTGGGAGTTGGAATGCTAGTCGATCGCCAGACACACTTCTTTTAGTTGAGACACATGGAAAACATCATG
TTGGCAGACAACTGTTCTGGGAGTTGGATCCGGGTAAGCCAGACACACTTCTTTTAGTTGAGACACATGG
AAAACATCATGTATGGCAGACAACTGTTCTGGGAGTTGGATCCGGGTAAGC
>CVSF43567.d1 bg|346280
CGTAGCTGATGCTGTGCTGTTGTGTCGGGGGGATATATATATATATATGGGGTCGTAGTCGTAGCGCTAG
TATGCTAGCAGCGTAGATGCTGATCGATGCTGATGCTGATCGTAGTCGTAGGCTAGTGCGATCGTAGTCG
TAGTCGATGCTGATGCGTAGCTGATGTGCTGCTGATGCTAGTCGTCGTAGCTGATGCATGCTGATCGTAG
TGCTCGATGCTAGTCGTAGTCGTAGTCGTAGCGACTGATGCGATCGTAGTCGGATGCTAGCACGTAGCTG
GCTCGATGCTGATGCTGAT