#!/usr/local/bin/perl -w 
my $pre_ref_pos_b;
my $pre_ref_pos_e;
my $count

while (<>) {

   chomp;
   my ($r_no,$r_name,$r_len,$r_pos_b, $r_pos_e, $ref_seq_no, $ref_pos_b, $ref_pos_e, $rev, $no_match, $paired, $aln_score) = split;
   while (defined($pre_ref_pos_b) && defined($pre_ref_pos_e) eq $ref_pos_b && $ref_pos_e) {
   $count++;
   print $r_name,$count,$r_ref_pos_b,$ref_pos_e\n;
   }
   $pre_ref_pos_b = $ref_pos_b;
   $pre_ref_pos_e = $ref_pos_e;

  }
}