$a="ABCDABCDXBCDABCXABCDXXCDABXD"; $b="ABCDABCDABCDABCDABCDABCDABCDABCDABCDABCD"; #### $a="ABCDABCDXBCDABCXABCDXXCDABXD"; $b="ABCDABCDABCDABCDABCDABCDABCDABCDABCDABCD"; @split_initial=split(//, $a); for ($i=0; $i<=$#split_initial; $i++) { if($split_initial[$i] ne 'A' && $split_initial[$i] ne 'B' && $split_initial[$i] ne 'C' && $split_initial[$i] ne 'D') { $split_initial[$i]="*"; } $seq_final=join('', @split_initial); } if ($b=~/$seq_final/) {print "OK\n";}