File 1
3936 C C C C A C .....

File 2
3936 3451 3607 1 1
3937 3451 3607 1 1
3938 3451 3607 1 1
3939 3451 3607 1 1
3940 3451 3607 2 1
3941 3451 3607 2 1
3942 3451 3607 2 1
3943 3451 3607 2 1
3944 3451 3607 2 1

Final File 

3936 3451 3607 1 1 C C C C A C .....

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awk 'NR==FNR{A[$1]=$1}A[$3]{sub($3,A[$3]);print}' file2 file1 > new file