use strict;

while (<DATA>) {
	s/( \w) /$1/g;
	print;
}

__DATA__
3851 A A G G T T
3854 A A G G T T

##</code><code>##

perl -pi.bak -e 's/( \w) /$1/g' file.dat

##</code><code>##

s/ \w\K //g;