use strict;
use warnings;

my %scGeneids; # gene ids for marker genes 
my $key;

open(INlist,"scCOGwSNPs_geneids.txt");
while(<INlist>){
chomp;
$scGeneids{$_}=1;
}
close(INlist);

open(IN,"snps.position.txt") or die "can't open infile";
open(OUT,">markerGen_allSNPPos.txt");


foreach $key (keys %scGeneids){
        print "searching for $key \n";
        while (<IN>){
        chomp;
        my @columns=split("\t",$_);
        my $gene_id=$columns[0];
        my $SNP_pos=$columns[2];
        if ($key eq $gene_id){
                print OUT join("\t",$key,$SNP_pos),"\n"; }


}
}

close(IN);

##</code><code>##

213810.locus_tag:RUM_03050
213810.locus_tag:RUM_03410
213810.locus_tag:RUM_03700
213810.locus_tag:RUM_06140
213810.locus_tag:RUM_06600
213810.locus_tag:RUM_07030
213810.locus_tag:RUM_09690
213810.locus_tag:RUM_09700
213810.locus_tag:RUM_09770
213810.locus_tag:RUM_12130

##</code><code>##

245014.locus_tag:CK3_01920      245014.FP929062 204248  T       0|0|0|1|0|0|2|0|6|5|0|0|0|0|0|0|3|1|6|0|0|1|0|0|5|1|0|0|0|4|0|0|4|4|3|2|0|0|0|0|3|0|0|0|0|2|0|0|0|0|0|5|2|0|0|0|0|0|0|2|2|0|0|5|0|0|1|0|0|4|0|0|2|2|1|9|0|2|2|1|5|0|1|5|0|0|0|0|1|0|0|2|0|0|0|2|1|0|1|0|0|2|0|0|0|0|0|0|0|0|1|2|0|0|0|0|1|0|0|1|0|0|2|7|1|0|1|1|0|0|5|1|3|0|3|2|0|10|2|1|1|9|2|2|0|0|2|2|0|0|0|1|0|1|0|3|0|0|1|1|0|0|0|1|3|0|1|3|2|1|0|0|4|1|1|0|0|1|1|0|0|2|2|0|0|0|1|1|0|0|2|4|2|0|0|0|2|0|0|0|1|1|0|1|1|0|0|0|0|1|0|3|0|1|0|0|0|0|0|2|0|0|0|1|1|0|0|0|0|0|0|3|1|6|0|0|1|0|0|0|0|0|0|2|0|4|1|0|0|0|0|0        .       5|C|S[AAA-AAG]|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|2|0|0|0|0|0|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0
245014.locus_tag:CK3_01920      245014.FP929062 204251  C       0|0|0|1|0|0|2|0|6|5|0|0|0|0|0|0|3|1|6|0|0|1|0|0|5|1|0|0|0|4|0|0|4|4|3|2|0|0|0|0|3|0|0|0|0|2|0|0|0|0|0|6|2|0|0|0|1|0|0|2|3|0|0|6|0|0|1|0|0|4|0|0|2|1|1|9|0|2|2|1|5|0|1|5|0|0|0|0|1|0|0|2|0|0|0|2|1|0|1|0|0|2|0|0|0|0|0|0|0|0|1|3|0|0|0|0|1|0|0|1|0|1|2|4|1|0|1|1|0|0|5|1|3|0|3|2|0|10|2|1|1|9|1|2|0|0|2|3|0|0|0|1|0|1|0|4|0|0|1|1|1|0|0|1|2|0|0|3|2|0|0|1|4|1|1|0|0|1|0|0|0|3|1|0|0|0|1|1|0|0|3|4|3|0|0|0|3|0|0|0|1|2|0|1|1|1|0|0|0|1|0|3|0|1|0|0|0|0|0|2|0|0|0|1|1|0|0|0|0|0|0|3|1|5|0|1|1|0|0|0|0|0|0|4|0|4|1|0|0|0|0|0        .       9|T|S[AAG-AAA]|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|2|0|0|0|0|0|1|0|0|0|0|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|2|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|1|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0|0