my $rx_altloc_groupByAlt = qr/
   #(?=
   (^ATOM.{9}(.{3})(\w)\w{3}(.{6}).+$ [\r\n])
   ((?:^.+$ [\r\n])*)
   #)
   (ATOM.{9}\2(?!\3).\w{3}\4.+$ [\r\n])
   (?{
      $altloc = $3;
   })
/xm;

...

$file_contents =~ s/$rx_altloc_groupByAlt//g;