#!/usr/bin/env perl use Modern::Perl; my %c; while(){ chomp; while(/([ACGT]{7})/g){ $c{$1}++; } } say "$_ : $c{$_}" for sort keys %c; __DATA__ NNNAGTACANNNNTAGCNNNNNNAGGTNNNNNAATCCGATNNNNNNTAGGGGGGTTTAAANNNNN NNNAGTCCCACANNNNTAAAAGCNNNNNNAGGTNNNNNAATCCGATNNNNNNTAGGGGGGTTTAAANNNNN NNNAGTACANNNNTAGCNNNNNNAGGTNNNNNAATCCGATNNNNNNTAGGGGGGTTTAAANNNNN