while (<$in_file>) {
    chomp;

    if (/^SAMPLE/) {
        my ( $placeholder, @coords ) = split /,/;
        foreach my $coord (@coords) {
            push @snp_bins, int( $coord / 100_000 );
        }
    }

    else {
        my ( $id, @snps ) = split /,/;
        foreach my $snp (@snps) {    # (@snps[0..$#snps-1]
            $snp =~ s/$snp/$snp,/    # put commas back in (preserve csv format)
        }

        foreach my $index ( 0 .. $#snp_bins ) {
			if ( $snps[$index] ) {
            push( @{ $data{$id}[ $snp_bins[$index] ] }, $snps[$index] );  # see note [1]
		    }

			else {                   # replace 'undef' elements with flag data
				my @ones_array;
				foreach ( 1 .. 100) {
					push @ones_array, "1 1,";
				}
				push( @{ $data{$id}[ $snp_bins[$index] ] }, @ones_array )
			}
        }
    }
}

##</code><code>##

if ( $snps[$index] )

##</code><code>##

SAMPLE,16287215,16287226,16287365,16287649,16287784,16287851,16287912
HG00553,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0
HG00554,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0
HG00637,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0
HG00638,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,1 1,0 0
HG00640,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,1 1,0 0

##</code><code>##

{
    HG00553   [
        [0]   undef,
        [1]   undef,

        <<< SNIP>>>
       
        [159] undef,
        [160] undef,
        [161] undef,
        [162] [
            [0] "0 0,",
            [1] "0 0,",
            [2] "0 0,",
            [3] "0 0,",
            [4] "0 0,",
            [5] "0 0,",
            [6] "0 0,"
        ],
        [163] undef,
        [164] [
            [0] "0 0,"
        ],
        [165] undef,
        [166] undef,
        [167] undef,
        [168] undef,
        [169] undef,
        [170] [
            [0]  "0 0,",
            [1]  "0 0,",
            [2]  "0 0,",
            [3]  "0 0,",
            [4]  "0 0,",
            [5]  "1 1,",
            [6]  "0 0,",
            [7]  "0 0,",
            [8]  "1 1,",
            [9]  "0 0,",
            [10] "0 0,",
            [11] "0 0,",
            [12] "0 0,"
        ],
        [171] undef,
        [172] [
            [0]  "0 0,",
            [1]  "0 0,",
            [2]  "0 0,",
            [3]  "0 0,",
            [4]  "0 0,",
            [5]  "0 0,",
            [6]  "0 0,",
            [7]  "0 0,",
            [8]  "0 0,",
            [9]  "0 0,",
            [10] "0 0,",
            [11] "0 0,",
            [12] "0 0,"
        ],
        [173] undef,
        [174] [
            [0]  "0 0,",
            [1]  "0 0,",
            [2]  "0 0,",
            [3]  "0 0,",
            [4]  "0 0,",
            [5]  "0 0,",
            [6]  "0 0,",
            [7]  "0 0,",
            [8]  "0 0,",
            [9]  "0 0,",
            [10] "0 0,",
            [11] "0 0,",
            [12] "0 0,",
            [13] "1 1,",
            [14] "0 0,",
            [15] "0 0,",
            [16] "0 0,",
            [17] "0 0,",
            [18] "0 0,",
            [19] "0 0,",
            [20] "0 0,",
            [21] "0 0,",
            [22] "0 0,",
            [23] "0 0,",
            [24] "0 0,",
            [25] "0 0,",
            [26] "0 0,",
            [27] "0 0,",
            [28] "0 0,",
            [29] "0 0,",
            [30] "0 0,",
            [31] "0 0,",
            [32] "0 0,",
            [33] "0 0,",
            [34] "0 0,",
            [35] "0 0,",
            [36] "0 0,",
            [37] "0 0,",
            [38] "0 0,",
            [39] "0 0,",
            [40] "0 0,",
            [41] "0 0,",
            [42] "0 0,",
            [43] "0 1,",
            [44] "0 1,",
            [45] "0 0,",
            [46] "0 0,",
            [47] "0 0,",
            [48] "0 0,",
            [49] "0 0,",
            [50] "0 0,",
            [51] "0 0,",
            [52] "0 0,",
            [53] "0 0,",
            [54] "0 0,"
        ],
        [175] [
            [0]  "1 0,",

              <<< SNIP >>>