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#!/usr/bin/perl
use strict;
...
    (my $rev = $RF) =~ tr/ACGT/TGCA/;
    $bins{$ID."R"} = reverse($rev);
}

>example
AAGTAGCATCGATTTATAGCATCGACTAGTAAGCTTAGCTACGATCAGCTACGATCGAGCGACTACGTAG
+C

1F => TTAAGTAGCATCGATTTATAGCATCGACTAGTAA
1R => TTACTAGTCGATGCTATAAATCGATGCTACTTAA
2F => TTAGCTACGATCAGCTACGATCGAGCGACTACGTAGCAA
2R => TTGCTACGTAGTCGCTCGATCGTAGCTGATCGTAGCTAA

1F2F => TTAAGTAGCATCGATTTATAGCATCGACTAGTAATTAGCTACGATCAGCTACGATCGAGCGA
+CTACGTAGCAA
1F2R  => TTAAGTAGCATCGATTTATAGCATCGACTAGTAATTGCTACGTAGTCGCTCGATCGTAGCT
+GATCGTAGCTAA
1R2F => TTACTAGTCGATGCTATAAATCGATGCTACTTAATTAGCTACGATCAGCTACGATCGAGCGA
+CTACGTAGCAA
1R2R => TTACTAGTCGATGCTATAAATCGATGCTACTTAATTGCTACGTAGTCGCTCGATCGTAGCTG
+ATCGTAGCTAA