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if (($genome[$i] eq 'a') && ($genome[$i+1] eq 'a'))    { ++$tt; }
         elsif (($genome[$i] eq 'a') && ($genome[$i+1] eq 'g')) { ++$a
+g; }
...
         elsif (($genome[$i] eq 't') && ($genome[$i+1] eq 'g')) { ++$t
+g; }
         elsif (($genome[$i] eq 't') && ($genome[$i+1] eq 'c')) { ++$g
+a; }
         elsif (($genome[$i] eq 't') && ($genome[$i+1] eq 't')) { ++$t
+t; }

if ($genome[$i] eq 'a') {
    if    ($genome[$i+1] eq 'a') { ++$tt; }
...
    elsif ($genome[$i+1] eq 'g') { ++$tg; }
    elsif ($genome[$i+1] eq 'c') { ++$ga; }
    elsif ($genome[$i+1] eq 't') { ++$tt; }