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my $snp_chip_covered++;

my $snp_chip_covered = 1;

my $snp_covered{$mismatch}

my $snp_chip_covered;
my %snp_covered;
...

   $snp_covered{++$snp_chip_covered} = '?????';
}

my @snp_covered;

...

   push @snp_covered, '?????';
}