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SNP5    IND1    A5    C5    0.8
SNP2    IND1    A2    C2    0.8
SNP1    IND1    A1    C1    0.8
...
SNP1    IND2    G1    T1    0.8
SNP3    IND2    G3    T3    0.8
SNP4    IND2    G4    T4    0.8

IND1    A1    C1    A2    C2    A3    C3    A4    C4    A5    C5
IND2    G1    T1    G2    T2    G3    T3    G4    T4    G5    T5

while (<>) {

        @intarray = split('\t');
...

        $datahash{$key} = $value;
        }