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#!/usr/bin/perl -w
use warnings;
use strict;
...
    else {print "1out";}
}
exit;

@SQ    SN:TMEM200B    LN:293
@SQ    SN:B3GAT2-2_P001    LN:204
Seq1Perfect    0    B3GAT2-2_P001    1    37    204M    *    0    0   
+ GGTTGGTTTTTATTTTTTGGAAGAGTTTTAGATTATAGGTGTTGTCGTCGTTAGCGAAGAAGAGTACG
+TCGGGTTGCGCGCGTTGGTGTTGGTGTTTTTGGCGTAGTTAGGCGAGGTTCGCGTTGCGTTGTTTAGTG
+GCGCGCGGTAGTTCGGGTCGTTTGTAGCGTCGCGGCGTGGGTACGTGTAGGTGAGTGTTGGGTAGTT  
+  &a==aa=====a======aaaaaaa====aaa==a=aaa=a==a=$a=$a==aa$aaaaaaaaa=a$
+a=$aaa==a$a$a$a==aa=a==aa=a=====aa$a=aa==aaa$aaaa==$a$a==a$a==a===aa=
+aa$a$a$aa=aa==$aaa=$a===a=aa$a=$a$aa$a=aaa=a$a=a=aaa=aaa=a==aaa=aa== 
+   XT:A:U    NM:i:0    X0:i:1    X1:i:0    XM:i:0    XO:i:0    XG:i:0
+    MD:Z:204
...
Seq6TruncB    0    B3GAT2-2_P001    1    37    189M    *    0    0    
+GGTTGGTTTTTATTTTTTGGAAGAGTTTTAGATTATAGGTGTTGTCGTCGTTAGCGAAGAAGAGTACGT
+CGGGTTGCGCGCGTTGGTGTTGGTGTTTTTGGCGTAGTTAGGCGAGGTTCGCGTTGCGTTGTTTAGTGG
+CGCGCGGTAGTTCGGGTCGTTTGTAGCGTCGCGGCGTGGGTACGTGTAGGT    &a==aa=====a==
+====aaaaaaa====aaa==a=aaa=a==a=$a=$a==aa$aaaaaaaaa=a$a=$aaa==a$a$a$a=
+=aa=a==aa=a=====aa$a=aa==aaa$aaaa==$a$a==a$a==a===aa=aa$a$a$aa=aa==$a
+aa=$a===a=aa$a=$a$aa$a=aaa=a$a=a=aaa=    XT:A:U    NM:i:0    X0:i:1  
+  X1:i:0    XM:i:0    XO:i:0    XG:i:0    MD:Z:189
Seq7TruncF    0    B3GAT2-2_P001    16    37    189M    *    0    0   
+ TTTGGAAGAGTTTTAGATTATAGGTGTTGTCGTCGTTAGCGAAGAAGAGTACGTCGGGTTGCGCGCGT
+TGGTGTTGGTGTTTTTGGCGTAGTTAGGCGAGGTTCGCGTTGCGTTGTTTAGTGGCGCGCGGTAGTTCG
+GGTCGTTTGTAGCGTCGCGGCGTGGGTACGTGTAGGTGAGTGTTGGGTAGTT    ===aaaaaaa===
+=aaa==a=aaa=a==a=$a=$a==aa$aaaaaaaaa=a$a=$aaa==a$a$a$a==aa=a==aa=a===
+==aa$a=aa==aaa$aaaa==$a$a==a$a==a===aa=aa$a$a$aa=aa==$aaa=$a===a=aa$a
+=$a$aa$a=aaa=a$a=a=aaa=aaa=a==aaa=aa==    XT:A:U    NM:i:0    X0:i:1 
+   X1:i:0    XM:i:0    XO:i:0    XG:i:0    MD:Z:189
Seq8Incomplete    4    *    0    0    *    *    0    0    GGTTGGTTCTTA
+TTCCTTGGAAGAGTTTTAGATTATAGGTGTTGTCGTCGTTAGCGAAGAAGAGTACGTCGGGTTGCGCGC
+GTTGGTGTTGGTGTTTTTGGCGTAGTTAGGCGAGGTTCGCGTTGCGTTGTTTAGTGGCGCGCGGTAGTT
+CGGGTCGTTTGTAGCGTCGCGGCGTGGGTACGTGTAGGTGAGTGTTGGGTAGTT    &a==aa=====
+a======aaaaaaa====aaa==a=aaa=a==a=$a=$a==aa$aaaaaaaaa=a$a=$aaa==a$a$a
+$a==aa=a==aa=a=====aa$a=aa==aaa$aaaa==$a$a==a$a==a===aa=aa$a$a$aa=aa=
+=$aaa=$a===a=aa$a=$a$aa$a=aaa=a$a=a=aaa=aaa=a==aaa=aa==

>TMEM200B
CTCCTCTGCCTGGCTGGTCTTGATCCGAGCGGTCTTCCCGGTGTCTAGCTCAAGTCGCTCCTGCTGCAGC
+TTCGCTGCGGGCGGAGGAGGTCTGGAAGGAGGGGGCGGGCAGGGAGAGGCTGGAGCCGGTGACGCCCCC
+TCCTCCCGCGCTGCGGTATGTAAAGCACAGTAGGGGGGAGGTGGGGCCCGGCGAGCGACCCCTGCGGAC
+CTGGGAGGCCCGAGCGCCCCCGCCCCATTTGCTACGGTGCAGCCACGTGCGGGGGTGGGGTCGAGCCCG
+GGAGGTACTTACCCTGGAGA
>B3GAT2-2_P001
GGCTGGCCTTTACCTCCTGGAAGAGCTCCAGACTATAGGTGTTGTCGTCGTCAGCGAAGAAGAGCACGCC
+GGGCTGCGCGCGCTGGTGCTGGTGCCTCTGGCGCAGCCAGGCGAGGCCCGCGTTGCGCTGCTCAGTGGC
+GCGCGGCAGCCCGGGCCGCTTGTAGCGCCGCGGCGTGGGCACGTGCAGGTGAGTGCTGGGCAGCC

@Seq1Perfect
GGTTGGTTTTTATTTTTTGGAAGAGTTTTAGATTATAGGTGTTGTCGTCGTTAGCGAAGAAGAGTACGTC
+GGGTTGCGCGCGTTGGTGTTGGTGTTTTTGGCGTAGTTAGGCGAGGTTCGCGTTGCGTTGTTTAGTGGC
+GCGCGGTAGTTCGGGTCGTTTGTAGCGTCGCGGCGTGGGTACGTGTAGGTGAGTGTTGGGTAGTT
+Seq1Perfect
...
GGTTGGTTCTTATTCCTTGGAAGAGTTTTAGATTATAGGTGTTGTCGTCGTTAGCGAAGAAGAGTACGTC
+GGGTTGCGCGCGTTGGTGTTGGTGTTTTTGGCGTAGTTAGGCGAGGTTCGCGTTGCGTTGTTTAGTGGC
+GCGCGGTAGTTCGGGTCGTTTGTAGCGTCGCGGCGTGGGTACGTGTAGGTGAGTGTTGGGTAGTT
+Seq8Incomplete
&a==aa=====a======aaaaaaa====aaa==a=aaa=a==a=$a=$a==aa$aaaaaaaaa=a$a=$
+aaa==a$a$a$a==aa=a==aa=a=====aa$a=aa==aaa$aaaa==$a$a==a$a==a===aa=aa$
+a$a$aa=aa==$aaa=$a===a=aa$a=$a$aa$a=aaa=a$a=a=aaa=aaa=a==aaa=aa==