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#!/usr/bin/perl -w
open FH, "sample.txt";
...
print "CG: $count{CG}\n";
print "CC: $count{CC}\n";
print "CT: $count{CT}\n";

ATGGGCTCCTCCGCCATCACCGTGAGCTTCCTCCTCTTTCTGGCATTTCAGCTCCCAGGGCAAACAGGAG
+CAAATCCCGTGTATGGCTCTGTGTCCAATGCAGACCTGATGGATTTCAAGTAAAAG ATGGTGAGAAAA
+TGGGCCCTGCTCCTGCCCATGCTGCTCTGCGGCCTGACTGGTCCCGCACACCTCTTCCAGCCAAGCCTG
+GTGCTGGAGATGGCCCAGGTCCTCTTGGATAACTACTGCTTCCCAGAGAACCTGATGGGGATGCAGGGA
+GCCATCGAGCAGGCCATCAAAAGTCAGGAGATTCTGTCTATCTCAGACCCTCAGACTCTGGCCCATGTG
+TTGACAGCTGGGGTGCAGAGCTCCTTGAATGACCCTCGCCTGGTCATCTCCTATGAGCCCAGCACCCTC
+GAGGCCCCTCCGCGAGCTCCAGCAGTCACGAACCTCACACTAGAGGAAATCATCGCAGGGCTGCAGGAT
+GGCCTTCGCCATGAGATTCTGGAAGGCAATGTGGGCTACCTGCGGGTGGACGACATCCCGGGCCAGGAG
+GTGATGAGCAAGCTGAGGAGCTTCCTGGTGGCCAACGTCTGGAGGAAGCTCGTGAACACGTCCGCCTTG
+GTGCTGGACCTCCGGCACTGCACTGGGGGACACGTGTCTGGCATCCCCTATGTCATCTCCTACCTGCAC
+CCAGGGAGCACAGTCTCGCACGTGGACACCGTCTACGACCGCCCCTCCAACACAACCACTGAGATCTGG
+ACCCTGCCTGAAGCCCTGGGAGAGAAGTACAGTGCAGACAAGGATGTGGTGGTCCTCACCAGCAGCCGC
+ACGGGGGGCGTGGCTGAGGACATCGCTTACATCCTCAAACAGATGCGCAGGGCCATCGTGGTGGGCGAG
+CGGACTGTTGGGGGGGCTCTGAACCTCCAGAAGCTGAGGGTAGGCCAGTCCGACTTCTTTCTCACTGTG
+CCTGTGTCCAGATCCCTGGGGCCCCTGGGTGAGGGCAGCCAGACGTGGGAGGGCAGTGGGGTGCTGCCC
+TGTGTGGGGACACCGGCCGAGCAGGCCCTGGAGAAAGCCCTGGCCGTTCTCATGCTGCGCAGGGCCCTG
+CCAGGAGTCATTCAGCGCCTTCAGGAGGCGCTGCGCGAGTACTACACGCTGGTGGACCGTGTGCCCGCC
+CTGCTGAGCCACCTGGCCGCCATGGACCTGTCCTCGGTGGTCTCCGAGGACGATCTGGTCACTAAGCTC
+AATGCTGGCCTGCAGGCTGTGTCTGAGGACCCCAGGCTCCAGGTGCAGGTGGTCAGACCCAAAGAAGCC
+TCTTCTGGGCCTGAGGAAGAAGCTGAAGAACCTCCAGAGGCGGTCCCGGAAGTGCCCGAGGACGAGGCT
+GTTCGGCGGGCTCTGGTGGACTCCGTGTTCCAGGTTTCTGTGCTGCCGGGCAACGTGGGCTACCTGCGC
+TTCGACAGTTTCGCTGATGCCTCTGTCCTGGAGGTGCTGGGCCCCTACATCCTGCACCAGGTGTGGGAG
+CCCCTGCAGGACACGGAGCACCTCATCATGGACCTGCGGCAGAACCCCGGGGGGCCGTCCTCCGCGGTG
+CCCCTGCTGCTCTCCTACTTCCAGAGCCCTGACGCCAGCCCCGTGCGCCTCTTCTCCACCTACGACCGG
+CGCACCAACATCACACGCGAGCACTTCAGCCAGACGGAGCTGCTGGGCCGGCCCTACGGCACCCAGCGT
+GGCGTGTACCTGCTCACTAGCCACCGCACCGCCACCGCGGCCGAGGAGCTGGCCTTCCTCATGCAGTCA
+CTGGGCTGGGCCACGCTGGTGGGCGAGATCACCGCGGGCAGCCTGCTGCACACACACACAGTATCCCTG
+CTGGAGACGCCCGAGGGCGGCCTGGCGCTCACGGTGCCTGTGCTCACCTTCATCGACAACCATGGCGAG
+TGCTGGCTGGGGGGCGGTGTGGTCCCCGATGCCATTGTGCTGGCCGAGGAAGCCCTAGACAGAGCCCAG
+GAGGTGCTGGAGTTCCACCGAAGCTTGGGGGAGTTGGTGGAAGGCACGGGGCGCCTGCTGGAGGCCCAC
+TACGCTCGGCCAGAGGTCGTGGGGCAGATGGGTGCCCTGCTGCGAGCCAAGCTGGCCCAGGGGGCCTAC
+CGCACCGCGGTGGACCTGGAGTCGCTGGCTTCCCAGCTTACGGCCGACCTGCAGGAGATGTCTGGGGAC
+CACCGTCTGCTGGTGTTCCACAGCCCCGGCGAAATGGTGGCTGAGGAGGCGCCCCCACCGCCTCCCGTC
+GTCCCCTCCCCGGAGGAGCTGTCCTATCTCATCGAGGCCCTGTTCAAGACTGAGGTGCTGCCCGGCCAG
+CTGGGCTACCTGCGTTTCGACGCCATGGCTGAGCTGGAGACGGTGAAGGCCGTCGGGCCACAGCTGGTG
+CAGCTGGTGTGGCAGAAGCTGGTGGACACGGCCGCGCTGGTGGTCGACCTGCGCTACAACCCCGGCAGC
+TACTCCACAGCCGTGCCTCTACTCTGCTCCTACTTCTTCGAGGCAGAGCCCCGCCGGCACCTCTACTCT
+GTCTTTGACAGGGCCACGTCAAGGGTCACAGAGGTATGGACCCTGCCCCACGTTACAGGCCAGCGCTAT
+GGCTCCCACAAGGACCTCTACGTTCTGGTGAGCCACACCAGCGGTTCAGCAGCTGAGGCTTTTGCTCAC
+ACCATGCAGGATCTGCAGCGAGCCACCATCATCGGGGAGCCCACGGCCGGAGGGGCACTCTCCGTGGGA
+ATCTACCAGGTGGGCAGCAGCGCCTTATACGCCTCCATGCCCACGCAGATGGCCATGAGTGCCAGCACC
+GGCGAGGCCTGGGATCTGGCTGGGGTGGAGCCGGACATCACTGTGCCCATGAGCGTGGCCCTCTCCACA
+GCCCGGGACATAGTGACCCTGCGTGCCAAGGTGCCCACTGTGCTGCAGACAGCTGGGAAGCTCGTAGCG
+GATAACTACGCCTCCCCTGAGCTGGGAGTCAAGATGGCAGCCGAACTGAGTGGTCTGCAGAGCCGCTAT
+GCCAGGGTGACCTCAGAAGCCGCCCTCGCCGAGCTGCTGCAAGCCGACCTGCAGGTGCTGTCCGGGGAC
+CCACACCTGAAGACAGCTCATATACCTGAGGATGCCAAAGACCGCATTCCTGGCATTGTACCCATGCAG
+TAACAG ATGGACATGATGGACGGCTGCCAGTTCTCGCCCTCTGAGTACTTCTACGACGGCTCCTGCAT
+CCCATCCCCCGACGGTGAGTTCGGGGACGAGTTTGAGCCGCGAGTGGCTGCTTTCGGGGCTCACAAGGC
+AGACCTGCAAGGCTCAGACGAGGACGAGCACGTGCGAGCACCCACGGGCCACCACCAGGCCGGCCACTG
+CCTCATGTGGGCCTGCAAAGCATGCAAAAGGAAGTCCACCACCATGGATCGGCGGAAGGCGGCCACCAT
+GCGCGAGCGGAGACGCCTGAAGAAGGTCAACCAGGCTTTCGACACGCTCAAGCGGTGCACCACGACCAA
+CCCTAACCAGAGGCTGCCCAAGGTGGAGATCCTCAGGAATGCCATCCGCTACATTGAGAGTCTGCAGGA
+GCTGCTTAGGGAACAGGTGGAAAACTACTATAGCCTGCCGGGGCAGAGCTGCTCTGAGCCCACCAGCCC
+CACCTCAAGTTGCTCTGATGGCATGTAAATG