I'd do something like this:

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

my %data;
my @missing;

while (<DATA>) {
  chomp;
  my @line = split /,/;

  if ($line[1] eq '--') {
    # first half
    $data{$line[4]} = \@line;
  } else {
    # second half
    if (exists $data{$line[1]}) {
      print join ',', @{$data{$line[1]}}[4,5],
                      @line[1,2];
      print "\n";
      delete $data{$line[1]};
    } else {
      push @missing, \@line;
    }
  }
}

foreach (sort keys %data) {
  print join ',', @{$data{$_}}[4,5,0,1];
  print "\n";
}

foreach (@missing) {
  print join ',', @{$_}[3,4,1,2];
  print "\n";
}

__END__
--,--,--,--,1.280000e+2,9.930000e+0
--,--,--,--,1.920000e+2,9.950000e+0
--,--,--,--,2.560000e+2,1.013000e+1
--,--,--,--,2.000000e+0,4.370000e+0
--,--,--,--,4.000000e+0,5.300000e+0
--,--,--,--,8.000000e+0,6.590000e+0
--,--,--,--,1.600000e+1,7.830000e+0
--,--,--,--,2.400000e+1,8.710000e+0
--,--,--,--,3.200000e+1,9.160000e+0
--,--,--,--,6.400000e+1,9.510000e+0
--,2.000000e+0,6.500000e+0,--,--,--
--,2.000000e+0,6.450000e+0,--,--,--
--,4.000000e+0,6.650000e+0,--,--,--
--,4.000000e+0,6.570000e+0,--,--,--
--,8.000000e+0,6.550000e+0,--,--,--
--,8.000000e+0,6.600000e+0,--,--,--
--,1.600000e+1,6.570000e+0,--,--,--
--,1.600000e+1,6.570000e+0,--,--,--
--,2.400000e+1,6.650000e+0,--,--,--
--,2.400000e+1,6.680000e+0,--,--,--
--,2.400000e+1,6.640000e+0,--,--,--
--,3.200000e+1,6.720000e+0,--,--,--
[download]

Which seems to give the output you wanted.

--
<http://www.dave.org.uk>

"The first rule of Perl club is you do not talk about Perl club."
-- Chip Salzenberg