As a general thing don't declare variables until you have an initial value for them. The use of prev_l and prev_p is an exception to that guideline where the operation of the code requires the two variables to be declared outside the loop.

Nested blocks generally obfuscate code so try to avoid that. One powerful tool for reducing nesting is to use early exits. Look at the following code and see how next with if as a statement modifier is used to abort processing loop statements wherever there is no need to continue.

Note too the use of defined to handle the first line correctly.

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;

my $prev_l;
my $prev_p;

while (my $line = <DATA>) {
    next if $line !~ /^[\d]/;
    chomp $line;

    my @hitline    = split (/,/, $line);
    my $hitLength  = $hitline[4];
    my $prevalence = $hitline[65];

    next if defined $prev_l && $hitLength == $prev_l && $prevalence ==
+ $prev_p;

    print "$line\n";
    $prev_l = $hitLength;
    $prev_p = $prevalence;
}

__DATA__
23750,57495,78362,xxxx,2853,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
+1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
+,1,1,1,1,60,100
23751,57497,78364,xxxx,2853,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
+1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
+,1,1,1,1,60,100
23752,57500,78367,xxxx,3114,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
+1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
+,1,1,1,1,60,100
23753,57502,78369,xxxx,3114,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
+1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
+,1,1,1,1,60,100
23754,57504,78371,xxxx,101,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
+,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
+1,1,1,1,60,100
[download]

Prints:

23750,57495,78362,xxxx,2853,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
+1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
+,1,1,1,1,60,100
23752,57500,78367,xxxx,3114,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
+1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
+,1,1,1,1,60,100
23754,57504,78371,xxxx,101,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
+,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,
+1,1,1,1,60,100
[download]