It is so hard to see the flow of your code given its horribly spaced verbosity. Try this version which simply uses perl's inate abilty to be concise and see if it doesn't ring some bells:

#! perl -slw
use strict;

my @wholepattern = (
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ','0','0',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ','0',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ','0',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ','0','0',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','0','0','0',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' '],
[' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ','
+ ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' 
+',' ',' ',' ',' ']
);

my @wholepattern2 = @wholepattern;
printf "iterations: ";
my $z = <stdin>;
$z--;
my $t = 0;

print "t:$t";
$t++;

my $i=0;
for my $row (@wholepattern) {
    my $j=0;
    for my $one (@$row) {

        if( $wholepattern[$i][$j] eq '0' ) {
            printf "0|";
        } else {
            printf " |";
        }
        if( ++$j == 39) {
            print "";
        }
    }
    $i++;
}

select(undef, undef, undef, 1);

while( $t <= $z ) {
    my @neighbours;
    my $i = 0;
    for my $row ( @wholepattern ) {
        my $j = 0;
        for my $one ( @$row ) {
            push @neighbours, '0' if $wholepattern[$i-1][$j-1] eq '0';
            push @neighbours, '0' if $wholepattern[$i-1][$j  ] eq '0';
            push @neighbours, '0' if $wholepattern[$i-1][$j+1] eq '0';
            push @neighbours, '0' if $wholepattern[$i  ][$j-1] eq '0';
            push @neighbours, '0' if $wholepattern[$i  ][$j  ] eq '0';
            push @neighbours, '0' if $wholepattern[$i  ][$j+1] eq '0';
            push @neighbours, '0' if $wholepattern[$i+1][$j-1] eq '0';
            push @neighbours, '0' if $wholepattern[$i+1][$j  ] eq '0';
            push @neighbours, '0' if $wholepattern[$i+1][$j+1] eq '0';

            my $neighbours = @neighbours;
            $wholepattern2[$i][$j] = ' ' if $neighbours  < 2;
            do{}                         if $neighbours == 2;
            $wholepattern2[$i][$j] = '0' if $neighbours == 3;
            $wholepattern2[$i][$j] = ' ' if $neighbours  > 3;
            @neighbours = ();
            $j++;
        }
        $i++;
    }
    print "t:$t";

    my $k=0;
    for my $row (@wholepattern2) {
        my $l = 0;
        for my $one (@$row) {
            if( $wholepattern2[$k][$l] eq '0') {
                printf "0|";
            } else {
                printf " |";
            }
            $l++;
            if( $l == 39 ) {
                print "";
            }
        }
        $k++;
    }
    printf "\n";
    $t++;
    select(undef, undef, undef, 0.4);
    @wholepattern = @wholepattern2;
}
[download]

Hint: (assuming you bothered to read down this far), What happens if you try to address element $wholepattern[ -1 ][ -1 ]>?