Character by character processing of strings is the single biggest weakness in perl's arsenal. As you've already used PDl, you probably have a compiler, so dropping into Inline::C should not be a problem for you.

The two routines below differ in the way the return the results. dnacmp() returns a list of strings like this:"123:A:C", whereas dnacmp2() concatenates all those into a single string for return:

#! perl -slw
use strict;
use Inline C => Config => BUILD_NOISY => 1;
use Inline C => <<'END_C',  NAME => 'dnacmp', CLEAN_AFTER_BUILD => 0;

void dnacmp( char *a, char *b ) {
    int n = 0;
    Inline_Stack_Vars;

    Inline_Stack_Reset;
    while( *a && *b ) {
        if( *a != *b ) {
            Inline_Stack_Push( sv_2mortal( newSVpvf( "%d:%c:%c", n, *a
+, *b ) ) );
        }
        a++; b++; n++;
    }
    Inline_Stack_Done;
    return;
}

SV *dnacmp2( char *a, char *b ) {
    SV *res = newSVpv( "", 0 );
    int n = 0;

    while( *a && *b ) {
        if( *a != *b )
            sv_catpvf( res, "%d:%c:%c ", n, *a, *b );
        ++a, ++b, ++n;
    }
    return res;
}

END_C
use Data::Dump qw[ pp ];
use Time::HiRes qw[ time ];

sub rndStr{ join'', @_[ map{ rand @_ } 1 .. shift ] }

print for dnacmp( 'ATTCCGGG', 'ATACCGC' );
print dnacmp2( 'ATTCGGG', 'ATACCGGC' );

our $N //= 10e3;
our $L //= 8;

my @seqs; $#seqs = $N-1;
$seqs[ $_ ] = rndStr( $L, qw[ A C G T ] ) for 0 .. $#seqs;

my $start = time;
for my $i ( 0 .. $#seqs ) {
    for my $j ( $i+1 .. $#seqs ) {
        print "@seqs[ $i, $j ] : ", dnacmp2( @seqs[ $i, $j ] );
    }
}
printf STDERR "Took %f seconds to cross compare $N sequences (%d compa
+risons)\n",
    time() - $start, ($N**2-$N)/2;

__END__
C:\test>dnacmp -N=142 -L=40
2:T:A
6:G:C
2:T:A 4:G:C
Took 0.233414 seconds to cross compare 142 sequences (10011 comparison
+s)

C:\test>head out.dat
2:T:A
6:G:C
2:T:A 4:G:C
CTTTACGGTCGCCAGTGCGCTAGCGGTGCTGGGTATGTCC TTTCGGTCAGGAATGGCGGCCAGCATATA
+ATCGGAGCCGT : 0:C:T 3:T:C 4:A:G 5:C:G 6:G:T 7:G:C 8:T:A 9:C:G 11:C:A 
+12:C:A 13:A:T 15:T:G 16:G:C 17:C:G 20:T:C 24:G:A 25:G:T 26:T:A 27:G:T
+ 28:C:A 29:T:A 30:G:T 31:G:C 33:T:G 35:T:G 36:G:C 37:T:C 38:C:G 39:C:
+T
CTTTACGGTCGCCAGTGCGCTAGCGGTGCTGGGTATGTCC CCGGGAACTCATTGACTCATCTCTGCACG
+CGGAAAGAGAC : 1:T:C 2:T:G 3:T:G 4:A:G 5:C:A 6:G:A 7:G:C 10:G:A 11:C:T
+ 12:C:T 13:A:G 14:G:A 15:T:C 16:G:T 18:G:A 19:C:T 20:T:C 21:A:T 22:G:
+C 23:C:T 25:G:C 26:T:A 27:G:C 28:C:G 29:T:C 32:G:A 33:T:A 35:T:G 36:G
+:A 37:T:G 38:C:A
CTTTACGGTCGCCAGTGCGCTAGCGGTGCTGGGTATGTCC ACACCGTTACAGGAGCTTACGATAACGAC
+CTGACCAATAC : 0:C:A 1:T:C 2:T:A 3:T:C 4:A:C 5:C:G 6:G:T 7:G:T 8:T:A 1
+0:G:A 11:C:G 12:C:G 15:T:C 16:G:T 17:C:T 18:G:A 20:T:G 22:G:T 23:C:A 
+24:G:A 25:G:C 26:T:G 27:G:A 29:T:C 30:G:T 32:G:A 33:T:C 34:A:C 35:T:A
+ 36:G:A 38:C:A
CTTTACGGTCGCCAGTGCGCTAGCGGTGCTGGGTATGTCC TTTATGCTGTAAACTAGACTAACTCCCTT
+AGCTACTGACG : 0:C:T 3:T:A 4:A:T 5:C:G 6:G:C 7:G:T 8:T:G 9:C:T 10:G:A 
+11:C:A 12:C:A 13:A:C 14:G:T 15:T:A 17:C:A 18:G:C 19:C:T 20:T:A 22:G:C
+ 23:C:T 24:G:C 25:G:C 26:T:C 27:G:T 28:C:T 29:T:A 31:G:C 32:G:T 33:T:
+A 34:A:C 37:T:A 39:C:G
CTTTACGGTCGCCAGTGCGCTAGCGGTGCTGGGTATGTCC CTCGTTCGGTATATGGCTGACGGAATTCG
+CTACGGGCACG : 2:T:C 3:T:G 4:A:T 5:C:T 6:G:C 8:T:G 9:C:T 10:G:A 11:C:T
+ 12:C:A 13:A:T 15:T:G 16:G:C 17:C:T 19:C:A 20:T:C 21:A:G 23:C:A 24:G:
+A 25:G:T 27:G:C 28:C:G 29:T:C 30:G:T 31:G:A 32:G:C 33:T:G 34:A:G 35:T
+:G 36:G:C 37:T:A 39:C:G
CTTTACGGTCGCCAGTGCGCTAGCGGTGCTGGGTATGTCC AAAAGGTGCGGCACTAGCGTAAACTGCAC
+GAGCGTACACC : 0:C:A 1:T:A 2:T:A 3:T:A 4:A:G 5:C:G 6:G:T 8:T:C 9:C:G 1
+2:C:A 13:A:C 14:G:T 15:T:A 19:C:T 20:T:A 22:G:A 24:G:T 26:T:C 27:G:A 
+29:T:G 30:G:A 32:G:C 33:T:G 34:A:T 35:T:A 36:G:C 37:T:A
CTTTACGGTCGCCAGTGCGCTAGCGGTGCTGGGTATGTCC TCAAGGGCGGCGGTAAAACAATGATGTAC
+ACCTCGTCGCG : 0:C:T 1:T:C 2:T:A 3:T:A 4:A:G 5:C:G 7:G:C 8:T:G 9:C:G 1
+0:G:C 11:C:G 12:C:G 13:A:T 14:G:A 15:T:A 16:G:A 17:C:A 18:G:C 19:C:A 
+20:T:A 21:A:T 23:C:A 24:G:T 27:G:A 29:T:A 30:G:C 31:G:C 32:G:T 33:T:C
+ 34:A:G 36:G:C 37:T:G 39:C:G

C:\test>tail out.dat
TACATGCCCTATCCAGGCAACGCATTAGGCACTGCGTGTA ACAATGCGACGGCTCCAGACTTGATACCT
+GTATCAAACTA : 0:T:A 1:A:C 2:C:A 7:C:G 8:C:A 9:T:C 10:A:G 11:T:G 13:C:
+T 14:A:C 15:G:C 16:G:A 17:C:G 19:A:C 20:C:T 21:G:T 22:C:G 25:T:A 26:A
+:C 27:G:C 28:G:T 29:C:G 30:A:T 31:C:A 33:G:C 34:C:A 35:G:A 36:T:A 37:
+G:C
TACATGCCCTATCCAGGCAACGCATTAGGCACTGCGTGTA GGTGGAAACGGCGTGTGTAGAAATTTATT
+CACGGTACTGT : 0:T:G 1:A:G 2:C:T 3:A:G 4:T:G 5:G:A 6:C:A 7:C:A 9:T:G 1
+0:A:G 11:T:C 12:C:G 13:C:T 14:A:G 15:G:T 17:C:T 19:A:G 20:C:A 21:G:A 
+22:C:A 23:A:T 27:G:T 28:G:T 32:T:G 34:C:T 35:G:A 36:T:C 37:G:T 38:T:G
+ 39:A:T
TACATGCCCTATCCAGGCAACGCATTAGGCACTGCGTGTA GATAGTTCCAAGCCACCTCCCACCCTGCT
+CAACATCGCTA : 0:T:G 2:C:T 4:T:G 5:G:T 6:C:T 9:T:A 11:T:G 15:G:C 16:G:
+C 17:C:T 18:A:C 19:A:C 21:G:A 23:A:C 24:T:C 26:A:G 27:G:C 28:G:T 31:C
+:A 32:T:C 33:G:A 34:C:T 35:G:C 36:T:G 37:G:C
TACATGCCCTATCCAGGCAACGCATTAGGCACTGCGTGTA AAGGTTGGTACTTACTAACCGGTTTGAGC
+CGTTCAACGAA : 0:T:A 2:C:G 3:A:G 5:G:T 6:C:G 7:C:G 8:C:T 9:T:A 10:A:C 
+12:C:T 13:C:A 14:A:C 15:G:T 16:G:A 17:C:A 18:A:C 19:A:C 20:C:G 22:C:T
+ 23:A:T 25:T:G 28:G:C 30:A:G 31:C:T 33:G:C 34:C:A 35:G:A 36:T:C 38:T:
+A
ACAATGCGACGGCTCCAGACTTGATACCTGTATCAAACTA GGTGGAAACGGCGTGTGTAGAAATTTATT
+CACGGTACTGT : 0:A:G 1:C:G 2:A:T 3:A:G 4:T:G 5:G:A 6:C:A 7:G:A 8:A:C 9
+:C:G 11:G:C 12:C:G 14:C:G 15:C:T 16:A:G 17:G:T 19:C:G 20:T:A 21:T:A 2
+2:G:A 23:A:T 25:A:T 26:C:A 27:C:T 29:G:C 30:T:A 31:A:C 32:T:G 33:C:G 
+34:A:T 36:A:C 37:C:T 38:T:G 39:A:T
ACAATGCGACGGCTCCAGACTTGATACCTGTATCAAACTA GATAGTTCCAAGCCACCTCCCACCCTGCT
+CAACATCGCTA : 0:A:G 1:C:A 2:A:T 4:T:G 5:G:T 6:C:T 7:G:C 8:A:C 9:C:A 1
+0:G:A 13:T:C 14:C:A 16:A:C 17:G:T 18:A:C 20:T:C 21:T:A 22:G:C 23:A:C 
+24:T:C 25:A:T 26:C:G 29:G:C 30:T:A 32:T:C 33:C:A 34:A:T 35:A:C 36:A:G
ACAATGCGACGGCTCCAGACTTGATACCTGTATCAAACTA AAGGTTGGTACTTACTAACCGGTTTGAGC
+CGTTCAACGAA : 1:C:A 2:A:G 3:A:G 5:G:T 6:C:G 8:A:T 9:C:A 10:G:C 11:G:T
+ 12:C:T 13:T:A 15:C:T 17:G:A 18:A:C 20:T:G 21:T:G 22:G:T 23:A:T 25:A:
+G 26:C:A 27:C:G 28:T:C 29:G:C 30:T:G 31:A:T 36:A:C 37:C:G 38:T:A
GGTGGAAACGGCGTGTGTAGAAATTTATTCACGGTACTGT GATAGTTCCAAGCCACCTCCCACCCTGCT
+CAACATCGCTA : 1:G:A 3:G:A 5:A:T 6:A:T 7:A:C 9:G:A 10:G:A 11:C:G 12:G:
+C 13:T:C 14:G:A 15:T:C 16:G:C 18:A:C 19:G:C 20:A:C 22:A:C 23:T:C 24:T
+:C 26:A:G 27:T:C 31:C:A 32:G:C 33:G:A 35:A:C 36:C:G 37:T:C 38:G:T 39:
+T:A
GGTGGAAACGGCGTGTGTAGAAATTTATTCACGGTACTGT AAGGTTGGTACTTACTAACCGGTTTGAGC
+CGTTCAACGAA : 0:G:A 1:G:A 2:T:G 4:G:T 5:A:T 6:A:G 7:A:G 8:C:T 9:G:A 1
+0:G:C 11:C:T 12:G:T 13:T:A 14:G:C 16:G:A 17:T:A 18:A:C 19:G:C 20:A:G 
+21:A:G 22:A:T 25:T:G 27:T:G 28:T:C 30:A:G 31:C:T 32:G:T 33:G:C 34:T:A
+ 37:T:G 38:G:A 39:T:A
GATAGTTCCAAGCCACCTCCCACCCTGCTCAACATCGCTA AAGGTTGGTACTTACTAACCGGTTTGAGC
+CGTTCAACGAA : 0:G:A 2:T:G 3:A:G 4:G:T 6:T:G 7:C:G 8:C:T 10:A:C 11:G:T
+ 12:C:T 13:C:A 14:A:C 15:C:T 16:C:A 17:T:A 20:C:G 21:A:G 22:C:T 23:C:
+T 24:C:T 25:T:G 26:G:A 27:C:G 28:T:C 30:A:G 31:A:T 32:C:T 33:A:C 34:T
+:A 35:C:A 36:G:C 37:C:G 38:T:A
[download]