Perhaps you aren't properly associating cperl-mode with your file. Here's some lisp-fu for you. The file is also available at http://diotalevi.isa-geek.net/~josh/emacs/my-cperl.el

;; Autoloading perltidy
(autoload #'perltidy "perltidy" nil t)
(autoload #'perltidy-mode "perltidy" nil t)
(autoload #'perltidy-unless-readonly-mode "perltidy" nil t)
(eval-after-load "cperl-mode" '(add-hook 'cperl-mode-hook #'perltidy-u
+nless-readonly-mode))
(eval-after-load "perl-mode"  '(add-hook 'perl-mode-hook  #'perltidy-u
+nless-readonly-mode))

;; Autoloading perl-syntax
(autoload #'perl-syntax "perl-syntax-mode" nil t)
(autoload #'perl-syntax-region "perl-syntax-mode" nil t)
(autoload #'perl-syntax-mode "perl-syntax-mode" nil t)
(defalias 'perlsyntax-mode 'perl-syntax-mode)
(eval-after-load "cperl-mode" '(add-hook 'cperl-mode-hook #'perl-synta
+x-mode))
(eval-after-load "perl-mode"  '(add-hook 'perl-mode-hook  #'perl-synta
+x-mode))

;; Autoloading perlcritic
(autoload 'perlcritic        "perlcritic" "" t)
(autoload 'perlcritic-region "perlcritic" "" t)
(autoload 'perlcritic-mode   "perlcritic" "" t)
(eval-after-load "cperl-mode" '(add-hook 'cperl-mode-hook #'perlcritic
+-mode))
(eval-after-load "perl-mode"  '(add-hook 'perl-mode-hook  #'perlcritic
+-mode))

(defun perl-interpreter (&rest interpreter-else)
  (save-restriction
    (widen)
    (save-excursion
      (goto-char (point-min))

      (if (looking-at auto-mode-interpreter-regexp)
          (match-string 2)
        (car interpreter-else)))))

(defun perl (start end)
  "Runs the current region or buffer with perl"
  (interactive (if (if (boundp 'mark-active) mark-active (mark))
                   (list "r")
                 (setq start (point-min))
                 (setq end   (point-max))
                 (list "i")))
  (shell-command-on-region
   start end (perl-interpreter "perl")))

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;;                              Parrots
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(autoload 'pasm-mode "pasm-mode" nil t)
(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.pasm" . pasm-mode))
(add-to-list 'interpreter-mode-alist (cons "pasm" 'pasm-mode))

(autoload 'pir-mode "pir-mode" nil t)
(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\(imc\\|pir\\)" .pir-mode))



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;;                                Pod
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(autoload 'pod-mode "pod-mode" nil t)
(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.pod" . pod-mode))



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;;                        Associate cperl-mode
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(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.[Pp][LlMm][Cc]?$" . cperl-mode))
(while (let ((orig (rassoc 'perl-mode auto-mode-alist)))
         (if orig (setcdr orig 'cperl-mode))))
(while (let ((orig (rassoc 'perl-mode interpreter-mode-alist)))
         (if orig (setcdr orig 'cperl-mode))))
(dolist (interpreter '("perl" "perl5" "miniperl"))
  (unless (assoc interpreter interpreter-mode-alist)
    (add-to-list 'interpreter-mode-alist (cons interpreter 'cperl-mode
+))))


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;;                         Associate pod-mode
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(add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.[Pp][Oo][Dd]$" . pod-mode))


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;;                            Autocomplete
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(defadvice cperl-indent-command
  (around cperl-indent-or-complete)
  "Changes \\[cperl-indent-command] so it autocompletes when at the en
+d of a word."
  (if (looking-at "\\>")
      (dabbrev-expand nil)
    ad-do-it))
(defun cperl-dabbrev-installer ()
  (set (make-local-variable 'dabbrev-case-fold-search) nil)
  (set (make-local-variable 'dabbrev-case-replace) nil))
(eval-after-load "cperl-mode"
  '(progn
     (require 'dabbrev)
     (ad-activate 'cperl-indent-command)
     (add-hook 'cperl-mode-hook #'cperl-dabbrev-installer)))



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;;                               Prove
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(defun cperl-prove ()
  "Run the current test."
  (interactive)
  (shell-command (concat "prove -v " (buffer-file-name))))


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;;                            Devel::Graph
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(defun devel-graph ()
  (interactive)
  (shell-command-on-region (point-min) (point-max)
                           "perl -MDevel::Graph -0777 -pe '$_=Devel::G
+raph->graph(\\$_)'"))

(eval-after-load "cperl-mode"
  '(add-hook 'cperl-mode-hook
             (lambda ()
               ;;(local-set-key "\C-cp" 'cperl-prove)
               ;;(local-set-key "\C-cdg" 'devel-graph)
               (local-set-key "\C-ctp" 'toggle-test-plan)
               )))


(defun toggle-test-plan ()
  (interactive)
  (let ((new-pos))
    (save-excursion
      (goto-char (point-min))
      (cond ((re-search-forward "More[ \t]+tests[ \t]*=>[ \t]*" nil t)
             (replace-match "More 'no_plan'; # tests => " t t))
            ((re-search-forward "More[ \t]+'no_plan';[ \t]*#[ \t]*" ni
+l t)
             (replace-match "More " t t)
             (setq new-pos (point)))))
    (if new-pos (goto-char new-pos))))
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