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 #/bin/perl/

use strict;
...
  
`grompp -f input.mdp -c "$file".npt.gro -p topol.top -o "$file".md.tpr
+`;

 #/bin/perl/

use strict;
...
`grompp -f input.mdp -c "$file".npt.gro -p topol.top -o "$file".md.tpr
+`;

}