Thanks for your thoughts! I fully agree that it's a rather tricky issue, especially given the fact that you will find listings with "a)", "b)", "c)" as item markers.

How would do it with a module like XML::LibXML::Reader?

First: To work with XML::LibXML::Reader, your XML document has to be valid. Your example has a bad entity (as has been already pointed out by LanX), also the named entities are not declared.

Without any attempt to make it pretty, here's a hack with your (corrected) example text. It shows a minimal context around each parenthesis found and indents according to level.

use 5.032;
use warnings;
use XML::LibXML::Reader qw( :types );
use open ':std', OUT => ':encoding(UTF-8)';

my $data = \*DATA;
my $reader = XML::LibXML::Reader->new( IO => $data );
my $paren_level = 0;
while ($reader->read) {
    next unless $reader->nodeType == XML_READER_TYPE_TEXT;

    my $text = $reader->value;
    while ($text =~ /([^() ]*\s*)([()])(\s*[^() ]*)/g) {
        if ($2 eq '(') {
            say " " x ($paren_level++ * 4),
                "opening:      '$&'";
        }
        else {
            if ($paren_level < 1) {
                say "non-matching: '$&'";
            }
            else {
                say " " x (--$paren_level * 4),
                    "closing:      '$&'";
            }
        }
    }
}
if ($paren_level) {
    say "At the end, $paren_level parentheses were left unclosed.";
}

__DATA__
<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE rn [
<!ENTITY auml "ä">
<!ENTITY Auml "Ä">
<!ENTITY ouml "ö">
<!ENTITY Ouml "Ö">
<!ENTITY uuml "ü">
<!ENTITY Uuml "Ü">
<!ENTITY sect "§">
<!ENTITY emsp14 "&#8197;">
<!ENTITY ldquor "„">
<!ENTITY rdquor "”">
]>
<rn>
<rnnum>52</rnnum>
<p>In Anlehnung an den Ansatz von Tokio 2013 <emph>definiert</emph> &s
+ect;&emsp14;1 II&emsp14;XXX die nachhaltige Bewirtschaftung als eine 
+Bewirtschaftung, die die sozialen und wirtschaftlichen Anspr&uuml;che
+ an den Boden mit seinen &ouml;kologischen Funktionen in Einklang bri
+ngt. Es soll eine gleichberechtigte Berücksichtigung von &ouml;kologi
+schen, &ouml;konomischen und sozialen Aspekten (&ldquor;Bedarfstripel
+&rdquor;<fn id="xxx">
<p>Mayer, JJV 2022, 28, 29.</p>
</fn>) f&uuml;r die Nutzung angestrebt werden. Ziel ist ein Ausgleich 
+der drei &ldquor;S&auml;ulen&rdquor;, die prinzipiell gleichwertig si
+nd. <fn id="yyy">
<p>Reiter, in: BoGB, &Ouml;ffentliche Regeln, &sect;&emsp14;4 Rn.&emsp
+14;6&emsp14;f.; Mayer, NatBl. 1996, 1082, 1083.</p>
</fn> Dabei muss allerdings der Grundgedanke der St&auml;rkung der &ou
+ml;kologischen Funktionen im Sinne der Ressourcenschonung ber&uuml;ck
+sichtigt werden. Die &ouml;kologischen Funktionen m&uuml;ssen mit den
+ wirtschaftlichen und sozialen Interessen in Einklang gebracht werden
+.<fn id="zzz">
<p>So auch in seiner Einleitung der Beschluss der 72. ROK vom 27.&emsp
+14;06. 2017, der in (&ldquor;Leitbilder und Handlungsstrategien f&uum
+l;r die Bodennutzung (in l&auml;ndlichen Gebieten)&rdquor;) sehr gut 
+die aktuellen Herausforderungen beschreibt, die unterschiedlichen Asp
+ekte nach dem Topziel der Nachhaltigkeit strukturiert und sie mit bei
+spielhaften Handlungsans&auml;tzen versieht.</p>
</fn> Wenn die &Ouml;kologie von vornherein gegen&uuml;ber den wirtsch
+aftlichen und sozialen Anspr&uuml;chen zur&uuml;cktritt, verliert die
+ Nachhaltigkeit ihre Orientierungsfunktion, und die Begrifflichkeit w
+ird ad absurdum gef&uuml;hrt.</p>
</rn>
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This example has no non-matching parentheses, the output reads:

opening:      'Aspekten („Bedarfstripel”'
closing:      ') für'
opening:      'in („Leitbilder'
    opening:      'Bodennutzung (in'
    closing:      'Gebieten)”'
closing:      ') sehr'
[download]