With a sufficiently recent version of Perl, you can do:

use Modern::Perl;

my @ref = qw/aap noot mies wim zus jet teun vuur gijs lam kees bok/;
while (my $in = <DATA>){
    chomp $in;
    while (my ($index, $value) = each @ref) {
        if ($value=~ m/$in/){
            say "$in : $value : $ref[$index + 2]";
        }
    }
}

__DATA__
a
e
i
o
u
aa
ee
ie
oo
uu
[download]

output:

a : aap : mies
a : lam : bok
e : mies : zus
e : jet : vuur
e : teun : gijs
e : kees : 
i : mies : zus
i : wim : jet
i : gijs : kees
o : noot : wim
o : bok : 
u : zus : teun
u : teun : gijs
u : vuur : lam
aa : aap : mies
ee : kees : 
ie : mies : zus
oo : noot : wim
uu : vuur : lam
[download]

Of course you get a number of Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at ... warnings because you access unitialized elements of the array.